Возбудители инфекционных заболеваний попадают в водные источники с испражнениями больных людей через канализацию, со стоками инфекционных больниц, ветлечебниц, трупами больных животных. Это такие заболевания, как кишечные инфекции, холера, тиф, гепатит, дизентерия, лептоспироз, бруцеллез, туляремия, гельминтозы (глисты) и многие другие. Опасны также сине-зеленые водоросли, которые выделяют в воду гепато- и нейротоксины. Наибольшему риску инфекционного заражения подвержены дети, больные и престарелые люди. Для них даже так называемые условно патогенные микробы (обычно не вызывающие заболеваний) чрезвычайно опасны.